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	<title>Super Statisticienne &#187; Packages</title>
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	<description>Statistiques, R et paillettes...</description>
	<lastBuildDate>Sat, 19 Nov 2016 14:52:42 +0000</lastBuildDate>
	<language>fr-FR</language>
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	<item>
		<title>Les packages R</title>
		<link>https://superstatisticienne.fr/les-packages-r/</link>
		<comments>https://superstatisticienne.fr/les-packages-r/#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 01 Oct 2015 20:16:20 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[superstatisticienne]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[R]]></category>
		<category><![CDATA[Packages]]></category>

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		<description><![CDATA[Comme je vous le disais il y a peu : R c&#8217;est bien ! ;) En effet, une des grandes forces de R est sa licence GNU GPL et sa multitude de contributeurs. Contributeurs qui peuvent donc, grâce au système de packages, partager leurs créations et fonctions R dans des domaines plus que variés. Vous [&#8230;]]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p>Comme je vous le disais il y a peu : <span style="color: #923887;">R c&rsquo;est bien ! ;)</span></p>
<p>En effet, une des grandes <strong>forces de R</strong> est sa licence GNU GPL et sa multitude de contributeurs.<br />
Contributeurs qui peuvent donc, grâce au système de <strong>packages</strong>, partager leurs créations et fonctions R dans des domaines plus que variés.<br />
Vous pouvez retouver la liste complète de ces packages ici : <a href="http://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html" target="_blank">&laquo;&nbsp;CRAN Packages By Name&nbsp;&raquo;</a>, ou bien classés par thème ici : <a href="http://cran.r-project.org/web/views/" target="_blank">&laquo;&nbsp;CRAN Task Views&nbsp;&raquo;</a>.</p>
<p>Je vous parlerai dans un prochain article de mes packages R préférés mais pour le moment, voyons comment les utiliser ^^</p>
<p><span id="more-85"></span></p>
<p>&nbsp;<br />
<span style="color: #923887;"><strong>- Gestion des packages -</strong></span></p>
<p>+ <u>Installer un package dans R</u> :</p>
<p></p><pre class="crayon-plain-tag">install.packages("nom_du_package", dependencies = TRUE)</pre><p>> Il vous est ensuite demandé de sélectionner un &laquo;&nbsp;serveur miroir&nbsp;&raquo; pour récupérer le package.<br />
&nbsp;<br />
+ <u>Charger le package dans R</u> :</p>
<p></p><pre class="crayon-plain-tag">library(nom_du_package)</pre><p>> Et c&rsquo;est parti ! ;)</p>
<p>&nbsp;<br />
<u>Remarque</u> : Si vous êtes sous Windows, il est aussi possible d&rsquo;installer un package sous R en mode &laquo;&nbsp;clic-bouton&nbsp;&raquo; dans le menu &laquo;&nbsp;Packages > Installer un package&nbsp;&raquo; de R ou bien sous &laquo;&nbsp;R Studio&nbsp;&raquo; via le menu &laquo;&nbsp;Outils > Installer un package&nbsp;&raquo;.<br />
&nbsp;<br />
<u>Remarque 2</u> : Si vous êtes sous Linux, l&rsquo;installation d&rsquo;un package R nécessite d&rsquo;être en <em>root</em>.</p>
<p>&nbsp;<br />
<span style="color: #923887;"><strong>- Astuce pratique -</strong></span></p>
<p>Si vous utilisez très souvent certains packages, il peut s&rsquo;avérer fastidieux de devoir les charger à chaque nouvelle session de R. Une astuce consiste donc à paramétrer R de sorte à ce que ces packages soient chargés automatiquement à chaque lancement de R.<br />
Pour cela, on va aller modifier le fichier <span style="color: #923887;"><em>.Rprofile</em></span> (si ce fichier n&rsquo;existe pas, il vous suffit de le créer à la racine de votre dossier de travail). Ici on va simplement y ajouter les lignes de code souhaitées, par exemple :</p>
<p></p><pre class="crayon-plain-tag">library(nom_du_package1)
library(nom_du_package2)</pre><p> </p>
<p>Il y a bien sûr tout un tas d&rsquo;autres éléments / paramètres possibles qui peuvent être ajoutés dans le fichier <em>.Rprofile</em>, en fonction de vos besoins propres. Par exemple, vous pouvez utiliser le fichier <em>.Rprofile</em> pour spécifier un &laquo;&nbsp;serveur miroir&nbsp;&raquo; à utiliser par défaut :</p>
<p></p><pre class="crayon-plain-tag">options("repos" = c(CRAN = "http://cran.uk.r-project.org/"))</pre><p> </p>
<p>Par contre <strong>ATTENTION</strong> : si vous partagez votre code, prenez bien garde à spécifier les éléments nécessaires (tels que les packages par exemple) car les autres ne disposeront peut-être pas du même fichier <em>.Rprofile</em> que vous !</p>
<p>&nbsp;<br />
<span style="color: #923887;"><strong>- Et aussi&#8230; -</strong></span></p>
<p>Enfin, en dehors des packages &laquo;&nbsp;approuvés&nbsp;&raquo; disponibles sur le CRAN, il est également possible de charger dans R des packages que d&rsquo;autres utilisateurs ont mis à disposition, par exemple sur leurs github personnels.<br />
Pour cela, il faudra utiliser le package &laquo;&nbsp;devtools&nbsp;&raquo; et installer certains composants si vous ne les avez pas déjà (<em>Rtools</em> sous Windows par exemple). Vous pouvez trouver plus d&rsquo;infos à ce sujet ici : <a href="https://github.com/hadley/devtools" title="devtools" target="_blank">https://github.com/hadley/devtools</a>.<br />
Personnellement je n&rsquo;ai pas encore eu l&rsquo;occasion de tester mais je trouve que c&rsquo;est une très bonne idée :)</p>
<p>&nbsp;</p>
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